概述

寡核苷酸池(Oligo pools)是成千上万条不同序列的寡核苷酸集合，可应用于CRISPR sgRNA文库、突变体库、抗体库、高通量报告基因分析（MPRA）、靶向测序、荧光原位杂交（FISH）、高通量基因合成、DNA储存等。

高通量DNA合成平台

我们的寡核苷酸池是由迪赢开发的高通量DNA合成平台合成的。该平台可以在一个芯片上合成长达230nt、多达150万条寡核苷酸，并且具有很高的准确性和均一性。

主要优势

● 高通量

单个芯片上可同时合成多达150万条不同的定制化序列，长度可达230nt

● 高质量

大于99%的覆盖度和高均一性，合成错误率低至千分之一，每条oligo为0.1-1 fmol

● 合成芯片不重复使用

避免交叉污染，批间稳定

工作流程

应用领域

● CRISPR sgRNA 文库

sgRNA文库由数以千计的质粒组成，包含了每个目标基因的多个sgRNA。这些文库利用CRISPR基因编辑技术的高效性和特异性来敲除基因表达或转录激活基因，是对重要分子靶点进行高通量筛选的理想选择。

● 突变体库

一次合成数千种以上的突变体，以确定结构和功能性的关键位点。突变体库广泛应用于蛋白质工程、代谢工程和抗体优化领域。

● 抗体库

合成抗体库是由经过设计的合成DNA片段构建的。这些抗体库能够产生针对不同蛋白抗原的特异性抗体，简化了在自然免疫中产生特异性抗体的过程，是加速抗体发现进程的有力工具。

● 高通量报告基因分析（MPRA）

高通量报告基因分析（MPRA）可以利用高通量测序和barcode技术同时对成千上万的调控元件进行功能验证，能够帮助研究人员阐明遗传变异的功能，并确定与人类疾病和性状相关的遗传变异。

● 靶向测序

通过高通量合成平台合成特定的探针，可以有效地富集目标区域，从而降低测序成本。

● 荧光原位杂交（FISH）

Oligo pools有助于FISH探针的快速开发，和其它空间转录组的研究应用，如MerFish，可在单个细胞内做空间定位的基因表达谱鉴定分析。

● 高通量基因合成

近年快速发展的合成生物学需要更高通量的基因合成，传统基因合成已无法满足要求。而高通量Oligo合成使合成大量基因成为可能，更能满足合成生物学日益增长的通量需求。

● DNA储存

DNA序列作为数据存储的介质，具有高密度、稳定和耐久的特性，是目前具有极大潜力的信息存储问题解决方案。

发表文献

● Zhang H, Deng S, Ren L, Zheng P, Hu X, Jin T, Tan X. Profiling CD8+ T cell epitopes of COVID-19 convalescents reveals reduced cellular immune responses to SARS-CoV-2 variants. Cell Rep. 2021 Sep 14;36(11).

数据

使用寡核苷酸池构建人类全基因组的 sgRNA 文库

文库构建

构建定制的 CRISPR sgRNA 文库，其中包含 65383 个针对人类全基因组的 sgRNA。所有 sgRNA 在高通量 DNA 合成平台上同时合成，然后将合成的寡核苷酸扩增并克隆到慢病毒载体中。

图1. sgRNA文库构建流程

文库错误率低

选取一个批次构建完成后随机抽取30个克隆进行桑格测序。测序结果表明在随机挑选的克隆中，100%的sgRNA序列和理论序列完全一致。

图1. 桑格测序结果

覆盖率高、分布均一，批次间稳定性高

文库的覆盖度和分布均一性是评价文库质量的重要指标，使用NGS方法进行验证。覆盖率是指构建文库中包含目标序列的比例。理想状态下文库中不同sgRNA是均匀分布的，但因PCR过程及克隆过程会有一定的偏好性，导致一部分sgRNA reads数较低，一部分sgRNA reads数较高，因此使用均一性评价文库中序列分布的均匀程度，通常采用分布斜率Skew Ration评价，通常认为数值<10代表为合格文库，数值越小代表均一性越好。

四个批次构建文库数据分析结果如下：

订购和规格

规格

寡核苷酸长度：长度可达230nt

通量：单次平行可合成150万条不同序列

错误率：合成错误率低至千分之一

产出：0.1-1 fmol/oligo

均一性：95%以上的寡核苷酸在平均信号频数20%以上

覆盖度：99%覆盖度以上

周期：定制及合成周期为1-2周

交付形式：

单链交付：0.1-1 fmol/oligo，干粉或液体交付（默认液体交付）；

双链交付：纯化后PCR产物交付；

克隆载体：菌液形式交付。

更多详情请浏览迪赢官网www.dynegene.com