SUMO蛋白酶能够识别并且高效地将SUMO（Small Ubiquitin-Like Modifier）从融合蛋白上切割下来。相对于EK和TEV等蛋白酶的短小识别位点，SUMO蛋白酶能够识别完整的SUMO结构，所以SUMO蛋白酶不会错切融合的蛋白。SUMO蛋白酶的效力可维持在较宽范围的反应环境体系中，例如温度（4-30℃）、pH（5.5-9.5）等。SUMO蛋白酶还具有多聚His标签，便于融合蛋白切割后的亲和层析纯化。