通过 LC - HRMS 进行代谢物分析和鉴定涉及三个步骤（见下图）。第一步是使用数据依赖采集（DDA）方法获取 LC - MS 和 LC - MS/MS 数据集。第二步是进行 LC - HRMS 数据处理，以找到代谢物的分子离子并检索其 MS/MS 光谱数据。第三步是解读数据以确定代谢物结构。在小分子药物的代谢物检测数据处理中，商业代谢物鉴定软件工具使用靶向数据挖掘方法，包括分别基于预测分子量、质量缺陷和常见代谢物碎片化的提取离子色谱（EIC）、质量缺陷过滤器（MDF）以及产物离子过滤器（PDF）/ 中性丢失过滤器（NLF）。

XenoFinder 拥有独特且先进的背景扣除过滤器（BSF）软件工具，它可进行非靶向数据处理，以找出测试样品中存在但对照样品中不存在或含量显著较低的常见及不常见代谢物。BSF 可与其他数据挖掘工具并行或串联，应用于各种代谢物分析和鉴定任务。