分子对接是通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。主要研究分子间(如配体和受体)相互作用,并预测其结合模式和亲合力的一种理论模拟方法.近年来,分子对接方法已成为计算机辅助药物研究领域的一项重要技术。

    分子对接的用途：

1. 探索药物小分子和大分子受体的具体作用方式和结合构型;
2. 筛选可以与靶点结合的先导药物（计算机辅助筛选）;
3. 解释药物分子产生活性的原因;
4. 指导合理地优化药物分子结构。

主要分子对接软件是：
 

1.DOCK

Dock是目前应用最广泛的分子对接软件之一，由Kuntz课题组开发。Dock应用半柔性对接方法，固定小分子的键长和键角，将小分子配体拆分成若干刚性片断，根据受体表面的几何性质，将小分子的刚性片断重新组合，进行构像搜索。在能量计算方面，Dock考虑了静电相互作用、范德华力等非键相互作用，在进行构像搜索的过程中搜索体系势能面。最终软件以能量评分和原子接触罚分之和作为对接结果的评价依据。

2.AutoDock

AutoDock是另外一个应用广泛的分子对接程序，由Olson科研组开发。AutoDock应用半柔性对接方法，允许小分子的构像发生变化，以结合自由能作为评价对接结果的依据。自从AutoDock3.0版本以后，对能量的优化采用拉马克遗传算法(LGA)，LGA将遗传算法与局部搜索方法相结合，以遗传算法迅速搜索势能面，用局部搜索方法对势能面进行精细的优化。[1]

3.FlexX

FlexX是德国国家信息技术研究中心生物信息学算法和科学计算研究室开发的分子对接软件，目前已经作为分子设计软件包BioSolveIT LeadIT的一个模块实现商业化。FlexX使用碎片生长的方法寻找最佳构像，根据对接自由能的数值选择最佳构像。FlexX程序对接速度快效率高，可以用于小分子数据库的虚拟筛选。[2]

文献：

[1] Gray JJ, Moughon S, Wang C, Schueler-Furman O, Kuhlman B, Rohl CA, Baker D (2003). "Protein–protein docking with simultaneous optimization of rigid-body displacement and side-chain conformations". J. Mol. Biol. 331 (1): 281–299.
 

[2] Wodak SJ, De Crombrugghe M, Janin J (1987). "Computer Studies of Interactions between Macromolecules". Progress in Biophysics and Molecular Biology. 49 (1): 29–63.
 

我司采用的是AutoDock Vina软件，该软件也是一款由MGL实验室开发的分子对接软件。与AutoDock 4.0相比，AutoDock Vina提高了结合模式预测的平均准确度，通过使用更简单的打分函数加快了搜索速度，并且在处理约20个可旋转键的体系时仍然能提供重现性较好的对接结果。

我们能提供正向和反向虚拟筛选，其流程如下：