病毒（virus）由一种核酸分子（DNA或RNA）与蛋白质（protein）构成或仅由蛋白质构成。根据遗传物质的组成，可分为单链/双链 DNA 病毒、单链/双链 RNA 病毒、和蛋白质病毒（如朊病毒）。
在病毒研究和相关生产当中，传统的Sanger测序方法只能够对已知序列病毒的特定序列进行扩增测序，而病毒基因组测序可基于高通量测序技术平台上对病毒全基因组进行测序，利用生物信息分析手段，得到病毒的全基因组序列，解析编码信息，并获得相应的变异信息。

病毒基因组测序在科研中的病毒溯源、鉴定、进化分析，工业生产中的病毒载体和毒株序列获取、病毒种子批的遗传稳定性和目的基因表达稳定性评估、疫苗用病毒基因组序列测序中都有非常广泛的应用场景。