微生物种属鉴定在食品发酵、生物制药、环境监测和农业畜牧等多个领域中扮演着重要角色。菌种鉴定的常规手段包括形态学观察、生理生化特性鉴定和分子生物学鉴定等，而通过分子生物学的方法进行菌种鉴定更为直接和可靠。核糖体RNA（rRNA）是生物细胞中主要的核糖核酸之一，在细菌/真菌/真核微生物的16S/ITS/18S rDNA中有多个保守性的区段，同时也具有高度变化特异性区域，根据保守区可以设计出通用引物，用于扩增出细菌/真菌/真核微生物的16S/ITS/18S rDNA片段。后经过测序，对高度变化的特异区域进行分析比对，就可实现菌种鉴定的目的。除此之外，还可基于高通量测序平台对微生物基因组进行鉴定，通过测序、组装、功能注释和结构比较等工作，在微生物全基因组层面上对单核苷酸多态性（SNPs）、插入缺失（InDel）、结构变异（SV）等一系列变异信息的分析，在完成菌种鉴定的同时，深入解析其性状特征和差异。